Kesemua spesies yang dikaji sehingga kini mempunyai 14 kromosome, satu mitochondrion dan satu plastid. Kromosome pelbagai antara 500 kilobase hingga 3.5 megabase panjang. Ia dipercayai bahawa pola ini benar bagi keseluruhan genus.

Plastid ini berbeza dengan apa yang terdapat pada alga bukannya fotosintesis. Fungsinya tidak diketahui tetapi terdapat bukti cadangan bahawa ia mungkin membabitkan pembiakan.

Pada tahap molekul, parasit merosakkan sel darah merah dengan menggunakan enzim plasmepsin - proteases asid aspartik yang menguraikan hemoglobin.